目前豬場免疫偽狂犬疫苗較多使用基因缺失苗，但是基因缺失苗也有較多的分類，有單基因缺失的，也有多基因缺失的，到底應該使用哪種疫苗，這是目前爭論較多的問題，怎樣認識這個問題，可從以下幾方面來分析：
1.多基因缺失苗不等于多價苗。這是普通常識，多價苗含有多種抗原成份，免疫后對豬提供更多的保護。多基因缺失苗則是缺失多個基因，減少了一些抗原成份。當然減少的這些抗原成份對總體的免疫效果影響不大。
2.基因缺失的目的。基因缺失的主要目的是為了鑒別免疫豬和野毒感染豬，為根除偽狂犬病提供血清學監測手段。目前，世界通用的是gE單克隆抗體ELISA試劑盒，單基因缺失苗和多基因缺失苗都能達到鑒別目的，從這一意義上來說，二者沒有任何區別。
3.免疫效力。目前還沒有權威性的論著對單基因缺失苗和多基因缺失苗免疫效力之間的優劣做過評述，從所了解的各豬場實際應用看，二者對控制偽狂犬病均具有良好的效果。抗體水平的監測也沒有發現二者之間存在差異。最近的研究表明，某些弱毒疫苗會移植至免疫豬的隱性靶組織即三叉神經元，并通過與偽狂犬野毒的超感染競爭，從而阻斷隱性感染的發生。研究還表明，既缺失糖蛋白gE又缺失Tk基因的弱毒苗在三叉神經節的移植能力弱。而阻斷和減少野毒潛伏性感染在偽狂犬病的防制中是至關重要的。
4.安全性。這是爭論的焦點問題，主要是關于單基因缺失苗是否安全的爭論。
基因缺失在減毒方面有一定作用，但顯然非常有限，疫苗的減毒主要依賴于繼代培養。除偽狂犬病疫苗外，其它疫苗都沒有缺失基因，其中家禽用疫苗有十多種，豬用疫苗有五、六種，人用疫苗有七、八種，如果說這些疫苗存在毒力返強或其它安全性問題，顯然與事實不符。因此，不能因為某一種疫苗缺失基因，就過分夸大基因缺失在安全性方面的作用，甚至把基因缺失的多少作為衡量一個疫苗安全性的依據。
從歷史的角度看，單基因缺失疫苗（如Bartha株）是一個使用歷史最長（1961年研制成功）、范圍最廣、數量最多的弱毒疫苗。數十年的應用實踐已經表明這是一個免疫力和安全性都很好的疫苗株。因此，不能因為多基因缺失苗（如同時缺失TK基因）強調其安全性就反過來懷疑單基因缺失苗的安全性，這與思維邏輯不符，更與事實不符。
從現實的角度看，單基因缺失苗仍然是世界范圍內用來防制偽狂犬病的主要品種，在十分注重生物安全的歐美國家，生產和使用一種不安全的疫苗是令人難以想象的。
到目前為止，已有幾家外國公司的Bartha株單基因缺失弱毒苗獲得了我國農業部的批準注冊，被允許進口。我國也是一個越來越注重生物安全的國家，批準注冊這些單基因缺失苗時，是從各個方面充分考慮、認證了其安全性因素，顯然有關單基因缺失弱毒疫苗存在安全問題的說法不可信。
幾十個規模化豬場從1999年就開始使用單基因缺失弱毒苗，至今未發生安全性問題。曾有個別豬場在使用單基因缺失弱毒苗后，出現一些問題，但經實驗室檢測，問題不在疫苗，而是該豬場在接種疫苗時已經感染了其它繁殖障礙性疾病，豬場人員也表示，接種疫苗就已經有問題發生。這種偶然情況在其它類型的疫苗使用過程中也會碰到。
