根據豬場不同地區進行消毒
豬場大門口消毒：在豬場的大門口消毒池和各棟豬舍門口的消毒腳盆，可使用1：800氯制劑消毒液溶液，用以消毒來往人員的鞋和進出車輛的車輪，池內的消毒液每周更換2-3次。大門設噴霧消毒裝置，對來往車輛的車身、車底盤進行細致、徹底的噴灑消毒。豬場大門口應設立洗手池。
豬舍消毒：每批豬只調出后要徹底清掃干凈，用高壓水槍沖洗，然后進行噴霧消毒或熏蒸消毒。據試驗，采用清掃方法，可以使畜禽舍內的細菌減少21.5%，如果清掃后再用清水沖洗，則畜禽舍內細菌數即可減少54%～60%。清掃、沖洗后再用藥物噴霧消毒，畜禽舍內的細菌數即可減少90%。消毒時，先噴灑地面，然后墻壁，先由離門遠處開始，噴完墻壁后再噴天花板，最后再開門窗通風，用清水刷洗飼槽，將消毒藥味除去。在進行畜禽舍消毒時，也應將附近場院以及病畜、禽污染的地方和物品同時進行消毒。
進出人員的消毒：進場人員的消毒是防止疾病入場的重要手段，特別是從其它場返回的人員、與其它豬場人員接觸過的人員、外來的參觀學習人員、新招來的職工等，這些人因與其它豬場人員接觸，難免身上帶有其它場的病原；平時的消毒措施，不管是紫外線燈照射，還是身上噴霧，都不可能把衣服里邊的病原殺死。所以針對進場人員，最好的辦法是更換衣服，并洗澡；需要在場里工作的人員，則要將衣物進行熏蒸消毒，這樣的消毒才是最徹底的。養殖場一般謝絕參觀，嚴格控制外來人員，必須進入生產區時，要洗澡，換場區工作服和工作鞋，并遵守場內防疫制度，按指定路線行走。進入養殖場的人員，必須在場門口更換靴鞋，并在消毒池內進行消毒，場門口設消毒池，用2%～3%火堿溶液（氫氧化鈉），3天更換一次。
環境消毒：豬舍周圍環境每2～3周用2%火堿消毒或撒生石灰一次，場周圍及場內污水池、排糞坑、下水道出口，每月用漂白粉消毒一次。在大門口豬舍人口設消毒池，使用2%火堿或5%來蘇兒溶液，注意定期更換消毒液。每隔1～2周，用2%～3%火堿溶液（氫氧化鈉）噴灑消毒道路；用2%～3%火堿，或3%～5%的甲醛或0.5%的過氧乙酸噴灑消毒場地。被病畜（禽）的排泄物和分泌物污染的地面土壤，可用5%～10%漂白粉溶液、百毒殺或10%氫氧化鈉溶液消毒。停放過芽抱所致傳染病（如炭疽、氣腫疽等）病畜尸體的場所，或者是此種病畜倒斃的地方，應嚴格加以消毒，首先用10%～20%漂白粉乳劑或5%～10%優氯凈噴灑地面，然后將表層土壤掘起30厘米左右，撒上干漂白粉并與土混合，將此表土運出掩埋。在運輸時應用不漏土的車以免沿途漏撒，如無條件將表土運出，則應加大漂白粉的用量（1平方米面積加漂白粉5千克），將漂白粉與土混合，加水濕潤后原地壓平。
車輛消毒：工作人員先打掃車輛，包括車表面和車內部，車輛內部包括車廂內地面、內壁及分隔板，外部包括車身、車輪、輪箍、輪框、擋泥板及底盤。除去車體大部分的污染物如泥土、稻草等。將可以卸載的，現場不能或不易消毒的物品移出放于場外。打掃完畢后，用高壓水沖洗車輛表面、內部及車底，檢查車輛看是否還有遺留的有機物。確定無殘余有機物后將車輛駛入大門消毒池內。使用消毒劑對車輛進行噴灑，特別注意工作人員卸載物品可能接觸的地方，注意縫隙、車輪和車底。駕駛室由本場消毒人員噴灑消毒。駕駛員穿上消毒服及靴子并進行消毒后進入車輛駕駛室。消毒劑停留至少15-30分鐘后駛出消毒間。若選用的消毒劑對車身有損傷的則用水沖洗完畢后再駛出。
根據豬場不同生產環節進行消毒
配種懷孕舍消毒程序：每周2次常規帶豬噴霧消毒；流產、返情母豬：使用消毒劑對母豬體表、胎衣接觸的5米范圍內噴霧消毒。配種、采精前后用消毒劑對母豬后驅、陰戶、公豬下腹部、包皮清洗消毒，并洗采精臺、浸泡采精器具。
母豬分娩前的消毒 ：為減少病原體從母豬向新生仔豬群傳播，臨產母豬進入分娩舍前要以溫水清洗干凈，應使用高效且刺激性小的消毒劑進行嚴格消毒，才能轉入分娩舍，分娩前，用高錳酸鉀或碘劑配成1：500溶液對母豬乳房、外陰、下腋等處進行消毒。
根據不同的目的進行消毒
豬舍的預防消毒：在一般情況下，豬舍應每年進行兩次（春秋各一次）預防消毒。在進行豬舍預防消毒的同時，凡是豬停留過的處所都需進行消毒。在采取“全進全出”管理方法的機械化養豬場，應在每次全出后進行消毒。產房的消毒在產仔結束后再進行一次。豬舍的預防消毒，也可用氣體熏蒸消毒，所用藥品是福爾馬林和高錳酸鉀。方法是按照豬舍面積計算所需用的藥品量。一般每立方米空間，用福爾馬林25毫升，水12.5毫升，高錳酸鉀25克（或以生石灰代替）。計算好用量以后將水與福爾馬林混合。豬舍（或其他畜舍）的室溫不應低于正常的室溫（8～15℃）將畜、禽舍門窗緊閉。其后將高錳酸鉀倒入，用木棒攪拌，經兒秒鐘即見有淺藍色刺激眼鼻的氣體蒸發出來，此時應迅速離開畜禽舍，將門關閉。經過12～24小時后方可將門窗打開通風。
豬舍的臨時消毒和終末消毒：發生各種傳染病而進行臨時消毒及終末消毒時，用來消毒的消毒劑隨疫病的種類不同而異。一般腸道菌、病毒性疾病，可選用5%漂白粉或1%～2%氫氧化鈉熱溶液。但如發生細菌芽孢引起的傳染病（如炭疽、氣腫疽等）時，則需使用10%～20%漂白粉乳、1%～2%氫氧化鈉熱溶液或其他強力消毒劑。在消毒畜禽的同時，在病畜禽舍、隔離舍的出入口處應放置設有消毒液的麻袋片或草墊。
